Transcriptomía química masivamente múltiple en resolución de una sola célula

Área de la Ciencia:

• Genómica de una sola célula
• Biología química
• Descubrimiento de drogas

Sus antecedentes:

• Las pantallas químicas tradicionales de alto rendimiento ofrecen información limitada sobre los mecanismos de los medicamentos y las respuestas celulares.
• Comprender las respuestas celulares heterogéneas a los compuestos es crucial para el desarrollo eficaz de fármacos.

Objetivo del estudio:

• Introducir sci-Plex, un nuevo método para el análisis de alta resolución de las respuestas de transcripción a las perturbaciones químicas.
• Demostrar la capacidad de sci-Plex para perfilar datos transcriptómicos de una sola célula a gran escala.

Principales métodos:

• Desarrollo y aplicación de sci-Plex, utilizando el hashing nuclear para la secuenciación de ARN de una sola célula.
• Cribado de tres líneas de células cancerosas contra 188 compuestos, generando ~ 650.000 transcriptomas de una sola célula.
• Análisis de los perfiles de transcripción para identificar las respuestas celulares específicas del compuesto y las relacionadas con la familia.

Principales resultados:

• Sci-Plex permitió el perfil de ~ 5000 muestras independientes en un solo experimento con resolución de una sola célula.
• Se identificó una heterogeneidad intercelular significativa en las respuestas celulares a los compuestos individuales.
• Reveló puntos en común en las respuestas a las familias compuestas y los efectos diferenciales dentro de las familias.

Conclusiones:

• Sci-Plex ofrece una poderosa plataforma para diseccionar respuestas celulares complejas a perturbaciones químicas a una escala y resolución sin precedentes.
• Los hallazgos proporcionan nuevos conocimientos sobre los mecanismos de los medicamentos, los efectos secundarios y la medicina personalizada.
• Los resultados con los inhibidores de la histona deacetilasa sugieren el papel de la cromatina como reservorio de acetato en las células cancerosas.