Mapeo y caracterización de la variación estructural en 17.795 genomas humanos

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La genética humana
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La secuenciación del genoma completo tiene como objetivo identificar todas las variaciones genéticas, pero las herramientas para las variantes estructurales (SV) se quedan atrás de las de las variantes más pequeñas.
• Las variantes estructurales, a diferencia de las variantes de un solo nucleótido y los indels, son difíciles de detectar y caracterizar de manera integral.
• La comprensión de los SV es crucial para obtener una imagen completa de la diversidad genética humana y la asociación de enfermedades.

Objetivo del estudio:

• Mapear y caracterizar las variantes estructurales en una gran cohorte de genomas humanos profundamente secuenciados.
• Crear el mayor recurso de variantes estructurales basado en la secuenciación del genoma completo hasta la fecha.
• Evaluar la frecuencia, el impacto y las implicaciones de las variantes estructurales en el genoma humano.

Principales métodos:

• Utilizó una tubería computacional escalable para analizar 17.795 genomas humanos profundamente secuenciados.
• Mapeó y caracterizó varios tipos de variantes estructurales, incluidas las deleciones, duplicaciones, inversiones y translocaciones.
• Datos de frecuencia del sitio publicados para las variantes estructurales identificadas.

Principales resultados:

• Estableció el mayor recurso de variantes estructurales basado en la secuenciación de todo el genoma, que incluye 158,991 SV ultra raros.
• Se encontró que los individuos llevan un promedio de 2,9 SVs raros que alteran la codificación, impactando 4,2 genes.
• Se estima que los SV representan el 17,2% de los alelos raros en todo el genoma, con efectos perjudiciales previstos significativos, principalmente por deleciones no codificantes.

Conclusiones:

• Las variantes estructurales son una fuente sustancial de variación genética rara con un impacto funcional significativo, comparable a los alelos de pérdida de función.
• El recurso y los resultados desarrollados ayudarán en el análisis e interpretación de las variantes estructurales en los estudios de genética humana.
• La investigación adicional sobre las SV es esencial para comprender las enfermedades genéticas y la evolución humana en la era de la secuenciación de todo el genoma.