Medición de la energía de plegado de Aptamer utilizando una abrazadera molecular

Área de la Ciencia:

• La biofísica
• Biología molecular
• La bioquímica

Sus antecedentes:

• La energía de plegamiento del aptamer (ΔGfold) es crucial para comprender la estabilidad y la función del aptamer.
• La medición experimental de la energía de plegamiento del aptamer es difícil debido a la falta de técnicas generales.

Objetivo del estudio:

• Presentar un método sencillo y generalizable para medir la energía de plegado del aptamer.
• Proporcionar una nueva herramienta para caracterizar la estabilidad y la función de los aptameros.

Principales métodos:

• Utilizando una abrazadera molecular de ADN de doble cadena acoplada a los extremos del aptamer para estirar el aptamer en condiciones de equilibrio.
• Empleando electroforesis en gel de lapso de tiempo para medir la energía interna total de las moléculas de ADN estresadas.
• Comparación de comportamientos de plegado y despliegue de moléculas de ADN que contienen aptamer y no estructuradas para obtener energía de plegado de aptamer.

Principales resultados:

• Se midió con éxito la energía de plegado del aptamer de trombina HD22 como 10,40 kJ/mol, alineándose con las predicciones existentes.
• Determinó que la energía de plegado de una estructura simple de horquilla es de 9,05 kJ/mol, coincidiendo estrechamente con las predicciones computacionales (9,24 kJ/mol).

Conclusiones:

• La estrategia desarrollada ofrece un enfoque accesible y generalizable para medir la energía de plegado en varios aptámeres.
• Este método facilita una caracterización más precisa de la estabilidad y función del aptamer.