Principales impactos de la amplia variación estructural en la expresión génica y la mejora de los cultivos de tomate

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología vegetal
• Ciencia de los cultivos

Sus antecedentes:

• Las variantes estructurales (SV) son cruciales para la domesticación y mejora de los cultivos.
• Caracterizar el espectro completo y el impacto de los SV sigue siendo un desafío significativo en la genética vegetal.

Objetivo del estudio:

• Identificar y caracterizar exhaustivamente las variantes estructurales (SV) en un panel diverso de líneas de tomate.
• Investigar el papel de los SV en la regulación génica, la variación cuantitativa de los rasgos y la mejora de los cultivos.

Principales métodos:

• Secuenciación de nanoporos de larga lectura de 100 líneas de tomate diferentes.
• Análisis pan-genómico que incorpora 14 nuevos conjuntos de referencia.
• Genética cuantitativa y enfoques de edición del genoma.

Principales resultados:

• Descubrimiento de 238.490 variantes estructurales (SV) en todo el panel de tomate.
• Identificación de numerosos SV que afectan a los genes y las regiones cis-regulatorias, lo que lleva a una expresión génica alterada.
• Demostrar que los SV modifican las características clave de los frutos (sabor, tamaño, producción) y las características de domesticación (cosecha).

Conclusiones:

• Las variantes estructurales (SV) juegan un papel sustancial y a menudo subestimado en las relaciones genotipo-fenotipo.
• Los SV son un recurso poderoso para comprender y impulsar las estrategias de mejora y mejoramiento de los cultivos.