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La caracterización proteogenómica revela vulnerabilidades terapéuticas en el adenocarcinoma pulmonar

Michael A Gillette ¹, Shankha Satpathy ², Song Cao ³

¹Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, 02142, USA; Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, 02115, USA.
²Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, 02142, USA.
³Department of Medicine and Genetics, Siteman Cancer Center, Washington University in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA.
⁴Department of Pathology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, 48109, USA.
⁵Department of Translational Molecular Pathology, MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, 77030, USA.
⁶Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn Institute for Data Science and Genomic Technology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA.
⁷Department of Population Health Science and Policy; Tisch Cancer Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, USA.
⁸Institute for Systems Genetics and Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, NYU Grossman School of Medicine, New York, NY 10016, USA.
⁹Institute for Systems Genetics and Department of Medicine, NYU Grossman School of Medicine, New York, NY 10016, USA.
¹⁰Lester and Sue Smith Breast Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX, 77030, USA.
¹¹Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, 02142, USA; Department of Biological Sciences, Columbia University, New York, NY, 10027, USA.
¹²Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, 02142, USA; Mork Family Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of Southern California, Los Angeles, CA, 90089, USA.
¹³Van Andel Research Institute, Grand Rapids, MI, 49503, USA.
¹⁴Sloan Kettering Institute, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, 10065, USA.
¹⁵Department of Public Health Sciences, University of Miami, Miller School of Medicine, Miami, FL, 33136, USA.
¹⁶Poznan University of Medical Sciences, Poznań, 61-701, Poland; International Institute for Molecular Oncology, Poznań, 60-203, Poland.
¹⁷Division of Hematology and Medical Oncology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA.
¹⁸Office of Cancer Clinical Proteomics Research, National Cancer Institute, Bethesda, MD, 20892, USA.
¹⁹Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor, MI, 48109, USA.
²⁰Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, The Johns Hopkins Medical Institutions, Baltimore, MD, 21224, USA.
²¹Leidos Biomedical Research Inc., Frederick National Laboratory for Cancer Research, Frederick, MD, 21702, USA.
²²Division of Oncology and Siteman Cancer Center, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO, 63110, USA.
²³Department of Pathology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, 48109, USA; Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor, MI, 48109, USA.

⁰Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, 02142, USA; Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, 02115, USA.

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11 de julio de 2020

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Resumen

Este estudio analizó exhaustivamente el adenocarcinoma pulmonar (LUAD) utilizando proteogenómica, revelando cuatro subgrupos distintos e identificando vulnerabilidades terapéuticas. Los hallazgos ofrecen nuevos conocimientos sobre la biología de la LUAD y las posibles estrategias de tratamiento.

Área De La Ciencia

En el campo de la oncología
Proteomía
La genómica

Sus Antecedentes

El adenocarcinoma pulmonar sigue siendo una de las principales causas de muerte por cáncer.
La comprensión de la heterogeneidad de LUAD es crucial para el desarrollo de terapias efectivas.

Objetivo Del Estudio

Realizar una caracterización proteogenómica completa de los tumores LUAD y de los tejidos adyacentes normales (NAT).
Identificar nuevas oportunidades terapéuticas y biomarcadores para el LUAD.

Principales Métodos

Análisis integrado de genómica, epigenómica, proteómica, fosfoproteómica y acetilproteómica.
Clustering multiómico de 110 tumores LUAD y 101 NAT.
Determinación de los subtipos inmunológicos y análisis de los LUAD asociados al tabaquismo.

Principales Resultados

Se identificaron cuatro subgrupos LUAD basados en mutaciones de conductores, país y género.
Se han descubierto vulnerabilidades terapéuticas relacionadas con los factores KRAS, EGFR y ALK.
Se reveló la asociación de STK11 con los tumores inmunológicos y las posibles funciones inmunosupresoras de la degranulación de neutrófilos.
Se detectaron proteínas expresadas diferencialmente en los NAT con potencial diagnóstico y terapéutico.

Conclusiones

La caracterización proteogenómica proporciona una comprensión más profunda de la biología y la heterogeneidad de LUAD.
El estudio identificó objetivos terapéuticos y biomarcadores potenciales para la LUAD.
El conjunto de datos generado sirve como un valioso recurso público para la investigación y la aplicación clínica de los LUAD.

Palabras clave:

El CPTAC Acetilación Cáncer de pulmón y estómago La genómica Cáncer de pulmón Espectrometría de masas Fosforilación Proteínas La proteogenómica Proteomía