Los transposones autoinformados permiten la lectura simultánea de la expresión génica y el enlace del factor de...

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• Biología celular

Sus antecedentes:

• La heterogeneidad celular complica el análisis in situ de la unión del factor de transcripción (TF).
• Los métodos actuales de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq) pueden identificar tipos celulares, pero no pueden vincular la identidad celular con sitios específicos de unión a TF (TFBS).

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un nuevo ensayo que mide simultáneamente la expresión génica y los mapas de TFBS en células individuales.
• Establecer un método para vincular la identidad celular con los eventos de unión de TF in situ.

Principales métodos:

• Desarrollo de transposones autoreportadores (SRT) que pueden recuperarse del ARNm.
• Integración de las SRT con las fusiones de TF-transposasa para mapear TFBS.
• Aplicación del ensayo de tarjetas de llamada de una sola célula (scCC), combinando el scRNA-seq con el mapeo SRT para la expresión génica simultánea y el análisis TFBS.

Principales resultados:

• La evaluación comparativa de scCC con múltiples TF demostró su eficacia.
• Descubrimiento de transiciones de estado celular mediadas por BRD4 en células K562 utilizando scCC.
• Mapeo de los sitios de unión de BRD4 en la corteza del ratón a resolución de una sola célula.

Conclusiones:

• Las tarjetas de llamadas de una sola célula (scCC) proporcionan un nuevo y poderoso método para estudiar la biología de TF in situ.
• El ensayo scCC permite la identificación simultánea de los tipos de células y sus TFBS asociados.
• Esta técnica abre nuevas vías para comprender la regulación génica y la dinámica del estado celular a nivel de una sola célula.