El CTCF orquesta el escaneo recombinante de largo alcance impulsado por la cohesión V ((D) J

Área de la Ciencia:

• Inmunología
• Biología molecular
• La genética

Sus antecedentes:

• La endonucleasa RAG inicia la recombinación V(D) J en las células B progenitoras, un proceso crucial para la inmunidad adaptativa.
• El escaneo RAG, potencialmente ayudado por la cohesión, localiza segmentos de ADN para la recombinación, pero los elementos unidos al CTCF pueden impedir este proceso.
• Se cree que la utilización del segmento distal V (H) se basa en la contracción del locus y el acceso difusional al centro de recombinación.

Objetivo del estudio:

• Investigar el papel del escaneo RAG lineal en el uso del segmento distal V (H).
• Determinar el impacto de la cohesina y el CTCF en el escaneo RAG y la unión de V (H) a DJ (H) en las células pro-B detenidas por G1.
• Explorar cómo la modulación de la actividad de CTCF afecta la accesibilidad y la recombinación de Igh locus.

Principales métodos:

• Utilizó un sistema inducible por auxina para degradar RAD21 (un componente de cohesión) o CTCF en líneas celulares pro-B v-Abl detenidas por G1.
• Evaluación de la eficacia de la recombinación V(D) J y de las interacciones de la cromatina tras la degradación de las proteínas.
• Se compararon los patrones de recombinación en las células manipuladas con los de las células pro-B primarias "locus-contracted".

Principales resultados:

• La degradación de RAD21 suprimió las interacciones de recombinación V(D) J y de exploración RAG, a excepción de la unión DQ52-J(H) mediada por difusión.
• La degradación del CTCF suprimió las interacciones de los elementos ligados al CTCF, pero promovió significativamente la recombinación y las interacciones del segmento distal V (H).
• Los patrones de recombinación después de la degradación del CTCF imitaron los observados en las células pro-B primarias contraídas en el locus.

Conclusiones:

• El escaneo RAG mediado por la cohesión es esencial para la recombinación V ((D) J.
• El CTCF actúa como una barrera para el escaneo RAG, impidiendo el acceso a los segmentos V ((H) distales.
• La regulación a la baja del CTCF facilita el escaneo RAG impulsado por la cohesión a través del locus Igh, promoviendo la utilización de V ((H) distal.