Mapas de ocupación de 208 proteínas asociadas a la cromatina en un tipo de célula humana

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Los factores de transcripción son proteínas cruciales que se unen al ADN y regulan la expresión génica.
• Comprender la unión del factor de transcripción es vital para descifrar los procesos biológicos.
• La mayoría de los factores de transcripción humana permanecen sin caracterizar en términos de su ocupación genómica.

Objetivo del estudio:

• Generar mapas de ocupación de todo el genoma para una porción significativa de proteínas asociadas a la cromatina (CAP) en la línea celular HepG2 humana.
• Analizar los perfiles de unión de los factores de transcripción y los cofactores para comprender la regulación génica.
• Ampliar el catálogo de motivos vinculantes de los factores de transcripción y su asociación con elementos reglamentarios.

Principales métodos:

• Se realizó inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación de alto rendimiento (ChIP-seq) para 208 CAP.
• Los experimentos se llevaron a cabo utilizando la línea celular HepG2 humana.
• Se utilizaron análisis bioinformáticos para identificar sitios, motivos y patrones de unión.

Principales resultados:

• Se mapearon perfiles de unión de 208 CAPs (171 factores de transcripción, 37 cofactores), lo que representa casi una cuarta parte de los CAPs en las células HepG2.
• Se clasificaron los patrones de unión CAP, principalmente asociados con promotores, potenciadores o ambos.
• Catálogo ampliado de motivos de factores de transcripción identificados, incluidos los patrones de coenriquecimiento (por ejemplo, motivos FOX con otros 37 CAP).
• El contenido de Motif y los patrones de ocupación distinguen con éxito entre promotores y potenciadores.
• Se identificaron regiones objetivo de alta ocupación con numerosas asociaciones de la PAC, aunque los motivos estaban presentes solo para un subconjunto de factores asociados.

Conclusiones:

• El estudio proporciona una visión general completa de las redes reguladoras de genes en las células HepG2.
• Los datos y análisis generados mejoran la comprensión de la unión y la función del factor de transcripción.
• Este trabajo pone de relieve la utilidad de los esfuerzos de generación de datos a gran escala como el proyecto ENCODE para el descubrimiento biológico.