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Updated: Dec 4, 2025

Single-Cell Factor Localization on Chromatin using Ultra-Low Input Cleavage Under Targets and Release using Nuclease
Published on: February 1, 2022
Potencial de cromatina identificado por perfilado compartido de una sola célula de ARN y cromatina
Sai Ma1, Bing Zhang2, Lindsay M LaFave3
1Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Biology and Koch Institute, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA.
Desarrollamos SHARE-seq, un método para medir la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica en células individuales. Esta técnica revela cómo los cambios de cromatina preceden las decisiones del destino celular, ayudando a comprender la diferenciación celular.
Área de la Ciencia:
- La genómica
- La epigenética
- Biología celular
Sus antecedentes:
- La diferenciación celular implica una regulación genética compleja, incluida la accesibilidad a la cromatina.
- La comprensión del orden temporal de los eventos regulatorios es crucial pero difícil debido a la diferenciación asíncrona.
Objetivo del estudio:
- Desarrollar un método escalable para la medición simultánea de la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica en células individuales.
- Investigar la relación temporal entre los cambios de cromatina y la expresión génica durante el compromiso del linaje celular.
Principales métodos:
- Se desarrolló la expresión simultánea de ATAC de alto rendimiento y ARN con secuenciación (SHARE-seq).
- Se empleó una estrategia computacional para identificar las interacciones cis-regulatorias y definir los dominios de la cromatina reguladora (DORC).
- Análisis de 34.774 perfiles articulares de tejido cutáneo de ratón.
Principales resultados:
- SHARE-seq permite la medición simultánea de la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica en células individuales.
- Se identificaron dominios de cromatina reguladora (DORC) y se encontró que se superponen con los super potenciadores.
- Los cambios en la accesibilidad de la cromatina en los DORC preceden a la expresión génica durante el compromiso del linaje.
Conclusiones:
- Los cambios en la accesibilidad de la cromatina pueden impulsar las células para el compromiso del linaje.
- El potencial de cromatina se infería computacionalmente como una medida de la iniciación del linaje.
- SHARE-seq es una plataforma versátil para el estudio de circuitos reguladores en diversos tejidos.
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