Secuenciación multiómica de alta resolución espacial a través del código de barras determinista en el tejido

Área de la Ciencia:

• Las Ómicas Espaciales
• Biología molecular
• La genómica

Sus antecedentes:

• Las tecnologías de ómica espacial son cruciales para comprender la arquitectura de los tejidos y la heterogeneidad celular.
• El mapeo simultáneo de múltiples biomoléculas (por ejemplo, ARNm y proteínas) en alta resolución sigue siendo un desafío.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un nuevo método, el código de barras determinista en el tejido para la secuenciación de ómicos espaciales (DBiT-seq), para el mapeo conjunto de ARNm y proteínas en diapositivas fijas de tejido.
• Permitir la transcriptómica y la proteómica espaciales de alta resolución utilizando la secuenciación de próxima generación (NGS).

Principales métodos:

• DBiT-seq utiliza canales microfluídicos paralelos para entregar códigos de barras de ADN a una superficie de diapositivas de tejido.
• La entrega secuencial y la ligadura in situ de dos conjuntos de códigos de barras (A y B) crean códigos de barras 2D únicos para cada píxel de tejido.
• La secuenciación de próxima generación (NGS) se emplea para la lectura de los datos ópticos espaciales.

Principales resultados:

• DBiT-seq mapeó con éxito mRNA y proteínas en tejidos de embriones de ratón fijados en formaldehído.
• El mapeo de alta resolución reveló los principales tipos de tejidos durante la organogénesis y estructuras finas como la microvasculatura y el epitelio pigmentado.
• Perfiles de expresión génica de píxeles de 10 μm agrupados con transcriptomas de una sola célula, lo que permite una identificación rápida del tipo de célula y la distribución espacial.

Conclusiones:

• DBiT-seq ofrece un enfoque fácil de usar para la óptica espacial, accesible a los investigadores sin experiencia en microfluídica.
• Esta técnica tiene amplias aplicaciones en biología del desarrollo, biología del cáncer, neurociencia y patología clínica.
• DBiT-seq avanza en el campo de la biología espacial al permitir el análisis multiómica integrado in situ.