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RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
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Sanger Sequencing

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Secuenciación multiómica de alta resolución espacial a través del código de barras determinista en el tejido

Yang Liu1, Mingyu Yang1, Yanxiang Deng1

  • 1Department of Biomedical Engineering, Yale University, New Haven, CT 06520, USA; Yale Stem Cell Center and Yale Cancer Center, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06520, USA.

Cell
|November 14, 2020
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

El código de barras determinista en el tejido para la secuenciación de ómicos espaciales (DBiT-seq) permite el mapeo simultáneo de ARNm y proteínas en tejidos fijos. Esta técnica proporciona datos ómicos espaciales de alta resolución para diversas aplicaciones de investigación biológica.

Palabras clave:
alta resolución espacialCódigo de barras in situembrión de ratónsecuenciación de próxima generaciónmulti-ómicas espaciales

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Área de la Ciencia:

  • Las Ómicas Espaciales
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Sus antecedentes:

  • Las tecnologías de ómica espacial son cruciales para comprender la arquitectura de los tejidos y la heterogeneidad celular.
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Objetivo del estudio:

  • Desarrollar un nuevo método, el código de barras determinista en el tejido para la secuenciación de ómicos espaciales (DBiT-seq), para el mapeo conjunto de ARNm y proteínas en diapositivas fijas de tejido.
  • Permitir la transcriptómica y la proteómica espaciales de alta resolución utilizando la secuenciación de próxima generación (NGS).

Principales métodos:

  • DBiT-seq utiliza canales microfluídicos paralelos para entregar códigos de barras de ADN a una superficie de diapositivas de tejido.
  • La entrega secuencial y la ligadura in situ de dos conjuntos de códigos de barras (A y B) crean códigos de barras 2D únicos para cada píxel de tejido.
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Principales resultados:

  • DBiT-seq mapeó con éxito mRNA y proteínas en tejidos de embriones de ratón fijados en formaldehído.
  • El mapeo de alta resolución reveló los principales tipos de tejidos durante la organogénesis y estructuras finas como la microvasculatura y el epitelio pigmentado.
  • Perfiles de expresión génica de píxeles de 10 μm agrupados con transcriptomas de una sola célula, lo que permite una identificación rápida del tipo de célula y la distribución espacial.

Conclusiones:

  • DBiT-seq ofrece un enfoque fácil de usar para la óptica espacial, accesible a los investigadores sin experiencia en microfluídica.
  • Esta técnica tiene amplias aplicaciones en biología del desarrollo, biología del cáncer, neurociencia y patología clínica.
  • DBiT-seq avanza en el campo de la biología espacial al permitir el análisis multiómica integrado in situ.