Secuenciación de 53.831 genomas diversos del programa NHLBI TOPMed

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Medicina de precisión
• La genética humana

Sus antecedentes:

• El programa Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) tiene como objetivo comprender la base genética de los trastornos del corazón, los pulmones, la sangre y el sueño.
• Las fases iniciales involucraron la secuenciación de todo el genoma de diversos individuos con datos fenotipos detallados.

Objetivo del estudio:

• Describir los objetivos, diseño, recursos y hallazgos iniciales del programa TOPMed.
• Aprovechar los datos genómicos y fenotípicos para mejorar el diagnóstico, el tratamiento y la prevención de enfermedades.

Principales métodos:

• Secuenciación de todo el genoma de más de 53.000 individuos.
• Identificación de variantes, incluida la detección de nuevas variantes mediante análisis especializados.
• Deposición de datos en la base de datos de genotipos y fenotipos (dbGaP).

Principales resultados:

• Identificación de más de 400 millones de variantes de un solo nucleótido y de inserción/eliminación.
• Descubrimiento de que el 97% de las variantes tienen frecuencias inferiores al 1%, siendo el 46% singletones.
• Catalogación de variantes raras que ofrecen información sobre la evolución humana y las enfermedades.

Conclusiones:

• El conjunto de datos TOPMed proporciona un recurso completo para estudiar el impacto de las variantes raras y no codificantes en la variación fenotípica.
• La integración de haplotipos TOPMed con métodos de imputación mejora el poder de los estudios de asociación de todo el genoma para las variantes de baja frecuencia.