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  • 1Cancer Genome Evolution Research Group, Cancer Research UK Lung Cancer Centre of Excellence, University College London Cancer Institute, London, UK.

Nature
|September 9, 2021
PubMed
Resumen

Un nuevo método, ExTRECT de células T, estima la fracción de células T a partir de datos de secuenciación de exomas enteros. Este enfoque ayuda a predecir la respuesta a la inmunoterapia y a comprender la infiltración inmune del tumor en varios tipos de cáncer.

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Área de la Ciencia:

  • En el campo de la oncología
  • Inmunología
  • La genómica

Sus antecedentes:

  • El microambiente tumoral afecta la progresión del cáncer y la eficacia de la inmunoterapia.
  • La medición precisa de los linfocitos que se infiltran en el tumor es crucial, pero a menudo está limitada por la disponibilidad de datos.
  • La secuenciación del exoma completo (WES) se utiliza comúnmente para la carga mutacional tumoral y la identificación de mutaciones.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar un nuevo método, la célula T ExTRECT, para estimar la fracción de células T a partir de los datos WES.
  • Validar la correlación de la célula T ExTRECT con las mediciones TIL existentes y evaluar su valor pronóstico y predictivo.
  • Explorar la diversidad de la infiltración inmune en cohortes de cáncer de páncreas e identificar factores genéticos asociados con la infiltración de células T.

Principales métodos:

  • Desarrolló ExTRECT de células T, un método que utiliza la pérdida de señal del círculo de escisión del receptor de células T (TREC) de los datos de WES.
  • Fracción de células T TCRA validada con respecto a las estimaciones de TIL ortogonales en diferentes tipos de muestras.
  • Realizamos un meta-análisis de tumores tratados con inmunoterapia y analizamos una cohorte pan-cancerígena.

Principales resultados:

  • La fracción de células T de TCRA mostró una fuerte correlación con las estimaciones de TIL y fue agnóstica para el tipo de muestra.
  • La fracción de células T de TCRA en sangre fue más alta en las mujeres y se correlacionó con el infiltrado inmune tumoral y las lecturas bacterianas.
  • En un metanálisis, la fracción de células T del TCRA del tumor predijo el pronóstico en el adenocarcinoma pulmonar y la respuesta a la inmunoterapia.
  • La pérdida subclonal en 12q24.31-32 se asoció con una reducción de la fracción de células T TCRA.

Conclusiones:

  • La célula T ExTRECT ofrece un método rentable para evaluar la infiltración inmune a partir de los datos de WES.
  • Este método proporciona información de pronóstico y predicción valiosa para los pacientes con cáncer, especialmente aquellos que se someten a inmunoterapia.
  • La célula T EXTRECT mejora nuestra comprensión de la heterogeneidad inmune del tumor y sus fundamentos genéticos.