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Updated: Oct 19, 2025

Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA

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Published on: August 21, 2016

La pantalla funcional de todo el genoma de las variantes 3'UTR revela variantes causales para la enfermedad humana y

Dustin Griesemer¹, James R Xue², Steven K Reilly²

¹Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02143, USA; Program in Bioinformatics and Integrative Genomics, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA; Department of Anesthesiology, Perioperative, and Pain Medicine, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA 02115, USA.

|September 17, 2021

Resumen

Desarrollamos un nuevo ensayo (MPRAu) para estudiar las variantes de la región 3' no traducida (3' UTR), identificando cientos de variantes causales vinculadas a rasgos y enfermedades humanas. Este método revela mecanismos como la regulación del miARN y las adaptaciones evolutivas.

Área de la Ciencia:

La genética
Biología molecular
La genómica

Sus antecedentes:

Las variantes de la región 3' no traducida (3' UTR) están vinculadas a rasgos y enfermedades humanas, pero las variantes causales son poco conocidas.
La identificación del impacto funcional de estas variantes es crucial para comprender las contribuciones genéticas a la salud y la evolución.

Objetivo del estudio:

Desarrollar y aplicar un ensayo de referencia masivo paralelo para las 3'UTR (MPRAu) para el ensayo integral de las variantes de 3'UTR.
Identificar las variantes causales de 3'UTR asociadas con los rasgos humanos, las enfermedades y las adaptaciones evolutivas.
Elucidar los mecanismos moleculares subyacentes a la función de la variante 3'UTR en la resolución del par de bases.

Principales métodos:

Desarrollo del ensayo de reporte masivo paralelo para 3'UTR (MPRAu).
Aplicación de MPRAu para el análisis de 12.173 variantes de 3'UTR en seis líneas celulares humanas.
Integración con los datos de los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) y las sustituciones alélicas endógenas para los estudios mecanicistas.

Principales resultados:

MPRAu analizó con éxito miles de variantes de 3'UTR, revelando que las secuencias simples a menudo impulsan la actividad reguladora.
Se nombraron cientos de variantes causales de 3'UTR con asociaciones de fenotipo mapeadas con precisión.
Se descubrieron mecanismos específicos, incluido un elemento rico en UA en LEPR vinculado a la adaptación metabólica y una variante que interrumpe la regulación del miRNA de TRIM14.

Conclusiones:

MPRAu es una herramienta poderosa para diseccionar la función de la variante 3'UTR e identificar las variantes causales.
El estudio nombra numerosas variantes de 3'UTR como potenciales impulsores de los rasgos humanos, las enfermedades y las adaptaciones evolutivas.
La comprensión de la regulación 3'UTR es clave para interpretar la variación genética y su impacto en la biología humana.

Palabras clave:

3'UTR (en inglés)Las GWAS El MPRA La evolución genómica funcional Las variantes genéticas genómica reguladora

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