La genómica espacial CRISPR identifica los reguladores del microambiente del tumor

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología del cáncer
• Inmunología

Sus antecedentes:

• Las pantallas CRISPR son efectivas para las funciones genéticas intrínsecas de la célula, pero limitadas para los análisis a nivel extracelular y tisular.
• La comprensión de la función génica dentro del complejo microambiente tumoral (TME) es crucial para la investigación del cáncer.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y aplicar un nuevo enfoque de genómica funcional espacial, Perturb-map, para diseccionar las funciones genéticas extracelulares dentro del contexto del tejido.
• Investigar el impacto de los nocauts genéticos en el crecimiento tumoral, la histopatología y la composición inmune en un modelo de cáncer de pulmón de ratón.

Principales métodos:

• Desarrollo del mapa Perturb, una técnica de genómica funcional espacial.
• Aplicación de Perturb-map para realizar nocauts genéticos paralelos en un modelo de cáncer de pulmón de ratón.
• Integración de Perturb-map con transcriptómica espacial para el análisis integral de los tumores editados por CRISPR.

Principales resultados:

• Perturb-map permitió la evaluación simultánea de los efectos de nocaut genético en el crecimiento tumoral, la histopatología y la infiltración celular inmune.
• En los tumores knockout Tgfbr2, se observó un fenotipo de EMT fibro-mucino con exclusión de las células T.
• Se observó una mayor señalización de TGFβ y activación de los fibroblastos, lo que indica una mayor biodisponibilidad de TGFβ y inmunosupresión.

Conclusiones:

• Perturb-map se establece como una herramienta poderosa para la genómica funcional de resolución de una sola célula en los tejidos mientras se preserva la arquitectura espacial.
• La respuesta de las células cancerosas al receptor TGFβ influye significativamente en el TME, afectando las interacciones de las células inmunes y la progresión tumoral.