Red aromática dependiente del pH y el calcio en la proteína del sobre del SARS-CoV-2

Área de la Ciencia:

• Biología estructural
• Virología
• La biofísica

Sus antecedentes:

• La proteína del sobre (E) del SARS-CoV-2 es una viroporina esencial para la patogenicidad.
• Su dominio transmembrana (TM) (ETM) forma canales catiónicos, pero el mecanismo de apertura sigue sin estar claro.
• Comprender el control de canales de ETM es crucial para desarrollar estrategias antivirales.

Objetivo del estudio:

• Investigar los cambios estructurales y dinámicos del poro del canal ETM en condiciones que imiten el entorno de la célula huésped.
• Para aclarar el papel de los residuos de fenilalanina en el bloqueo del canal ETM.
• Para identificar objetivos potenciales para los inhibidores del SARS-CoV-2.

Principales métodos:

• Se empleó la espectroscopia de RMN de estado sólido C y F.
• Los experimentos se llevaron a cabo a pH ácido y en presencia de iones de calcio.
• Se analizó la dinámica conformal y la accesibilidad al agua de ETM.

Principales resultados:

• El pH ácido y el Ca2+ indujeron trastornos conformacionales en los residuos terminales y una mayor accesibilidad al agua porosa.
• El ETM contiene tres residuos de fenilalanina espaciados regularmente.
• Se observaron dos conformaciones distintas de la cadena lateral de Phe20 y Phe26, que difieren en accesibilidad al agua y dinámica.
• La apertura del canal se correlacionó con un aumento de la población de una conformación Phe dinámica orientada a los lípidos.

Conclusiones:

• Una intrincada red aromática que incluye residuos de fenilalanina regula la apertura del canal ETM.
• Los cambios conformacionales observados sugieren un mecanismo para el transporte catiónico.
• Esta red aromática representa un objetivo potencial para el desarrollo de inhibidores contra el SARS-CoV-2 y los coronavirus relacionados.