Esta página ha sido traducida por una máquina. Otras páginas pueden seguir apareciendo en inglés. View in English

Mapas de referencia moleculares de tejido cruzado de un solo núcleo para comprender la función del gen de la enfermedad

Gökcen Eraslan ¹, Eugene Drokhlyansky ¹, Shankara Anand ²

¹Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
²The Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
³Department of Ophthalmology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
⁴Ocular Genomics Institute, Department of Ophthalmology, Massachusetts Eye and Ear, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA.
⁵Medical and Population Genetics Program, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
⁶Department of Genetics, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06510, USA.
⁷Department of Dermatology, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA 02115, USA.
⁸Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USA.
⁹The Joint Pathology Center Gynecologic/Breast Pathology, Silver Spring, MD 20910, USA.
¹⁰Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA 02115, USA.
¹¹Center for Cancer Research and Department of Pathology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA.
¹²Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
¹³Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA.

⁰Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.

Clinical Neuroscience (new York, N.y.) +

|

13 de mayo de 2022

Ver abstracta en PubMed

Resumen

Este estudio creó un atlas integral de expresión génica de diversos tejidos, revelando tipos de células involucradas tanto en las funciones corporales normales como en diversas enfermedades. El atlas ayuda a comprender las funciones de los genes en los trastornos genéticos monogénicos y complejos.

Área De La Ciencia

Genómica y Biología Molecular
Biología celular y de los tejidos
Biología computacional

Sus Antecedentes

La función y la regulación de los genes son fundamentales para mantener la homeostasis y comprender las enfermedades.
El conocimiento de la expresión génica celular y específica del tejido es esencial para esta comprensión.
Los atlas existentes pueden carecer de integración entre tejidos y análisis estandarizado en diversas muestras.

Objetivo Del Estudio

Generar un atlas integral y transversal de los perfiles de expresión génica.
Identificar las características celulares compartidas y específicas de los tejidos en diversos tipos de tejidos.
Para vincular los tipos de células y módulos de genes a la patología de enfermedades monogénicas y rasgos complejos.

Principales Métodos

Aplicación de cuatro métodos de secuenciación de ARN de un solo núcleo (snRNA-seq).
Análisis de ocho tipos de tejidos congelados archivados de 16 donantes (25 muestras).
Integración de 209.126 perfiles de núcleos mediante el uso de un autoencoder variacional condicional.

Principales Resultados

Creación de un atlas de tejidos a gran escala de la expresión génica de un solo núcleo.
Identificación de las características comunes y específicas de los tejidos de las poblaciones de células residentes en los tejidos.
Identificación de tipos celulares y módulos genéticos potencialmente involucrados en enfermedades monogénicas y rasgos complejos.

Conclusiones

El atlas de tejidos cruzados proporciona un recurso valioso para comprender la expresión génica en la salud y la enfermedad.
Los hallazgos facilitan la identificación de los actores celulares en las patologías neuromusculares, metabólicas e inmunes.
Este recurso puede avanzar en el estudio de los mecanismos de enfermedad subyacentes a rasgos genéticos complejos.