Perfilamiento basado en la afinidad del Riboswitch de Mononucleótido de Flavin

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La bioquímica
• Biología del ARN

Sus antecedentes:

• Los riboswitches son moléculas de ARN reguladoras que controlan la expresión génica.
• Los riboswitches de mononucleótido de flavina (FMN) son objetivos clave para los antibióticos y los biosensores.
• La comprensión de la unión y el plegamiento de los ligandos de los riboswitches FMN es crucial para su aplicación.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y aplicar perfiles basados en la afinidad para la caracterización de los riboswitches FMN.
• Para medir cuantitativamente la unión de ligandos y mapear los sitios de unión.
• Investigar el plegamiento y la función de los riboswitches en contextos celulares.

Principales métodos:

• Diseño y síntesis de ligandos fotorreactivos para el etiquetado de fotoafinidad.
• Medición cuantitativa de la unión del ligando mediante las interacciones covalentes.
• Análisis del pliegue estructural del riboswitch bajo condiciones variables (temperatura, cationes).
• Integración del etiquetado de fotoafinidad con la transcripción inversa para el mapeo de resolución de nucleótidos.
• Aplicación del método a extractos celulares y bacterias vivas.

Principales resultados:

• Se logró el etiquetado selectivo de fotoafinidad del riboswitch FMN.
• Se obtuvieron datos de unión cuantitativa, demostrados con roseoflavina.
• El plegamiento condicional del riboswitch se midió en función de los factores ambientales.
• Los sitios de unión de ligandos dentro del dominio de aptamer fueron mapeados con resolución de un solo nucleótido.
• Se demostró el plegamiento endógeno del riboswitch FMN y la unión a antibióticos en *Bacillus subtilis*.

Conclusiones:

• El etiquetado de fotoafinidad proporciona una herramienta poderosa para estudiar las interacciones riboswitch-ligando.
• Este método permite mediciones cuantitativas de la unión y la cartografía precisa de los sitios de unión.
• El enfoque es aplicable a muestras biológicas complejas, incluidas bacterias vivas, que ofrecen información sobre la función de riboswitch in vivo.