La secuenciación de las aguas residuales revela una transmisión temprana de la variante críptica del SARS-CoV-2

Área de la Ciencia:

• Microbiología ambiental
• Virología
• Vigilancia de la salud pública

Sus antecedentes:

• La detección temprana de las variantes del SARS-CoV-2 es crucial para las intervenciones efectivas de salud pública.
• Las pruebas clínicas para la prevalencia del linaje a menudo no son factibles a escala y pueden ser sesgadas.
• La vigilancia de las aguas residuales ofrece un método menos sesgado para rastrear la dinámica de la infección regional.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y desplegar métodos mejorados de vigilancia genómica de aguas residuales para la detección temprana de la variante SARS-CoV-2.
• Superar las limitaciones de los datos de secuencia de baja calidad y la estimación de la abundancia relativa de linaje en las aguas residuales.
• Comparar la vigilancia genómica basada en aguas residuales con la secuenciación clínica durante un período de 295 días.

Principales métodos:

• Se han desarrollado protocolos mejorados de concentración de virus para muestras de aguas residuales.
• Implementó un software de desconvolución para resolver múltiples cepas de virus de muestras mixtas de aguas residuales.
• Realizó un esfuerzo de secuenciación clínica y de aguas residuales simultáneo de 295 días en un campus universitario y el condado circundante.

Principales resultados:

• Las variantes emergentes de SARS-CoV-2 de preocupación se detectaron hasta 14 días antes en las aguas residuales.
• Casos identificados de propagación del virus no capturados por la vigilancia genómica clínica.
• Demostró la capacidad de resolver múltiples cepas de virus de las aguas residuales con mayor precisión.

Conclusiones:

• La vigilancia genómica de aguas residuales proporciona una solución escalable para la detección temprana de la variante SARS-CoV-2.
• Este enfoque mejora las estimaciones de prevalencia de la comunidad e identifica la transmisión críptica.
• La mejora de la vigilancia de las aguas residuales puede ayudar significativamente a la respuesta de la salud pública a las amenazas virales en evolución.