Variación del transcriptoma en los tejidos humanos revelada por secuenciación de larga lectura

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Las transcripciones
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La regulación de la estructura de la transcripción es crucial para la salud y la enfermedad humanas.
• Las tecnologías de secuenciación de larga lectura permiten una investigación más profunda del papel de la variación genética en la estructura de la transcripción.

Objetivo del estudio:

• Crear y analizar un conjunto de datos completo de secuencias de ARN de larga lectura en humanos.
• Identificar nuevas transcripciones y comprender el impacto de las variantes genéticas en el transcriptoma.
• Desarrollar herramientas computacionales para analizar la expresión específica del alelo y la estructura de la transcripción.

Principales métodos:

• Generación de un gran conjunto de datos de secuencias de ARN de larga lectura humana utilizando tecnologías de nanoporos de Oxford a partir de 88 muestras de GTEx.
• Identificación y validación de las nuevas transcripciones.
• Desarrollo del paquete computacional LORALS para el análisis específico de alelos de lecturas largas.
• Perturbación de la estructura de la transcripción a través de la eliminación de PTBP1.

Principales resultados:

• Identificación de más de 70.000 nuevas transcripciones, con la expresión de proteínas validada para el 10%.
• Caracterización de eventos de expresión y estructura de transcripción específicos del alelo.
• Demostración de los efectos reguladores genéticos modificados por el entorno celular.
• Interpretación mejorada de la variante para las variantes raras que afectan al empalme.

Conclusiones:

• La secuenciación de larga lectura proporciona una alta resolución para estudiar la estructura de la transcripción y la variación genética.
• El paquete LORALS facilita el análisis de los efectos genéticos en el transcriptoma.
• Este conjunto de datos y metodología avanzan en la comprensión de la diversidad de transcripciones, enfermedades e interpretación de variantes.