Live-seq permite el registro transcriptómico temporal de células individuales

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• Biología celular

Sus antecedentes:

• La secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq) es crucial para comprender la heterogeneidad celular.
• Los métodos actuales de scRNA-seq lisan las células, impidiendo análisis posteriores en las mismas células.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método de perfilado del transcriptoma de una sola célula que preserve la viabilidad celular.
• Para permitir el acoplamiento del transcriptoma de una célula con su comportamiento molecular y fenotípico posterior.

Principales métodos:

• Live-seq utiliza microscopía de fuerza fluídica para la extracción de ARN, manteniendo la viabilidad celular.
• La evaluación comparativa incluyó la evaluación del crecimiento celular, las respuestas funcionales y las lecturas del transcriptoma.
• Los estudios de prueba de concepto incluyeron perfiles secuenciales de macrófagos y células estromales adiposas, y registro transcriptómico.

Principales resultados:

• Live-seq estratifica con precisión diversos tipos de células y estados con una perturbación celular mínima.
• Se ha demostrado la cartografía secuencial de las trayectorias de los macrófagos y las células estromales adiposas después de la estimulación/diferenciación.
• Se identificó la expresión basal de Nfkbia y el estado del ciclo celular como determinantes clave de la heterogeneidad de la respuesta de los macrófagos al LPS.

Conclusiones:

• Live-seq transforma el scRNA-seq de un análisis de punto final a un enfoque de análisis temporal.
• Este método permite el acoplamiento directo de los datos del transcriptoma con el comportamiento celular aguas abajo.
• Live-seq abre nuevas vías para el estudio de procesos y respuestas celulares dinámicas.