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Updated: Sep 1, 2025
10:41
An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues
Published on: April 5, 2018
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Perfiles espaciales de la accesibilidad de la cromatina en tejidos de ratón y humanos
Yanxiang Deng1,2, Marek Bartosovic3, Sai Ma4
1Department of Biomedical Engineering, Yale University, New Haven, CT, USA.
Nature
|August 17, 2022
Resumen
Spatial-ATAC-seq mapea la accesibilidad de la cromatina en los tejidos, revelando paisajes epigenéticos cruciales para comprender el desarrollo celular y la enfermedad. Este nuevo método proporciona información a escala genómica sobre la organización de los tejidos y los estados celulares.
Área de la Ciencia:
- La epigenética
- Biología espacial
- La genómica
Sus antecedentes:
- La función celular se basa en el entorno local del tejido, lo que requiere técnicas avanzadas de mapeo espacial.
- Mientras que la transcriptómica espacial mapea la expresión génica, el perfil epigenético espacial a escala celular y genómica está ausente.
Objetivo del estudio:
- Introducir un nuevo método para el perfilado de la accesibilidad de la cromatina de las secciones de tejido con resolución espacial.
- Para permitir el mapeo epigenético a escala de genoma dentro del contexto de los tejidos.
Principales métodos:
- Desarrollo de la secuencia espacial-ATAC mediante la combinación de la química de transposición Tn5 in situ y el código de barras determinista microfluídico.
- Aplicación de la secuenciación de próxima generación para perfilar secciones de tejido.
Principales resultados:
- Delineación de paisajes epigenéticos específicos de la región del tejido en embriones de ratón, identificando reguladores genéticos en el desarrollo del sistema nervioso central.
- Mapeo de genomas accesibles en cerebros de ratón y humanos, revelando una compleja arealización regional.
- Resolución de la organización espacialmente distinta de las células inmunes en el tejido de las amígdalas.
Conclusiones:
- Spatial-ATAC-seq avanza en la biología espacial al proporcionar perfiles de accesibilidad de la cromatina con resolución espacial.
- Esta tecnología mejora la comprensión de la identidad celular, el estado y las decisiones de destino vinculadas a los fundamentos epigenéticos en el desarrollo y la enfermedad.
