La genómica espacial traza la estructura, la naturaleza y la evolución de los clones de cáncer

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• La genómica
• Biología del cáncer

Sus antecedentes:

• Los genomas del cáncer a menudo muestran diversos subclones, pero su organización espacial y dinámica evolutiva no se comprenden completamente.
• Los métodos existentes carecen de la resolución para mapear la distribución y las características de los subclones dentro del microambiente tumoral.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un flujo de trabajo para el mapeo cuantitativo detallado de la composición genética de subclones en secciones de tumores completos.
• Investigar los patrones de crecimiento clonal, las características histológicas y la composición microambiental de los subclones de cáncer individuales.

Principales métodos:

• Secuenciación de todo el genoma combinada con secuenciación in situ altamente multiplexada de bases específicas.
• Transcriptómica de una sola célula para vincular datos genéticos y de transcripción.
• Algoritmos dedicados para la integración de datos espaciales multi-ómicos.

Principales resultados:

• Desarrolló un flujo de trabajo que permite el mapeo espacial cuantitativo de subclones de cáncer.
• Reveló intrincados patrones de crecimiento subclonal en cánceres de mama multifocales, validados por microdisección.
• Demostró que los territorios de subclones exhiben características transcripcionales, histológicas y microambientales distintas en las etapas de progresión del cáncer.

Conclusiones:

• La genómica espacial proporciona conocimientos poderosos sobre la evolución del cáncer y la ecología microambiental.
• El flujo de trabajo desarrollado facilita el estudio de la arquitectura subclonal y sus implicaciones funcionales.
• La comprensión de la heterogeneidad subclonal espacial es crucial para descifrar el desarrollo y la progresión del cáncer.