Las variantes estructurales impulsan la activación oncogénica dependiente del contexto en el cáncer

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología del cáncer
• La epigenética

Sus antecedentes:

• La estructura de cromatina de orden superior regula la expresión génica a través de elementos distales.
• Las variantes estructurales (SV) que alteran la organización del genoma 3D pueden causar enfermedades, especialmente cáncer.
• Las razones por las que solo algunos SV afectan la expresión génica siguen sin estar claras.

Objetivo del estudio:

• Para identificar las alteraciones recurrentes de la estructura del genoma 3D en el cáncer.
• Determinar el impacto de los SV específicos en la activación de los oncogenes.
• Desarrollar modelos predictivos para las consecuencias de la SV en la expresión génica.

Principales métodos:

• Análisis de datos Hi-C de 92 líneas de células cancerosas y muestras de pacientes.
• La ingeniería del genoma CRISPR-Cas9 para crear SV de novo.
• Aplicación de modelos de "actividad por contacto".

Principales resultados:

• Se han identificado alteraciones recurrentes de la estructura del genoma 3D en oncogenes (MYC, TERT, CCND1).
• Se ha demostrado que la actividad oncogénica puede predecirse mediante modelos de "actividad por contacto".
• Se descubrió que estos modelos solo son predictivos para un subconjunto de genes, lo que indica diversos mecanismos regulatorios.

Conclusiones:

• Las SV que afectan la organización del genoma 3D son frecuentes en el cáncer.
• Están surgiendo reglas predictivas para los efectos de los SV en la activación de oncogenes.
• Las diferentes clases de genes utilizan modos reguladores distintos que incluyen elementos distales.