Reconocimiento de ADN G-Cuadruplex en Vitro y en Células Vivas por un Nanobody Específico de la Estructura

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La biofísica

Sus antecedentes:

• Los cuádruplexos G (G4) son estructuras de ADN cruciales involucradas en la regulación del genoma.
• Las sondas G4 existentes como el anticuerpo BG4 tienen limitaciones en la expresión y las aplicaciones de células vivas.

Objetivo del estudio:

• Para desarrollar una nueva sonda de nanobody de alta afinidad para la detección de G4.
• Para permitir la imagen intracelular y el mapeo de las estructuras G4 en células vivas.

Principales métodos:

• Selección de un nanobody camélido de cadena pesada (SG4) contra un ADN G4 de Myc humano.
• Mediciones de afinidad in vitro y caracterización biofísica.
• AlphaFold y simulaciones de dinámica molecular para el modelado estructural.
• Expresión intracelular y imágenes de células vivas de G4 endógenos.

Principales resultados:

• SG4 exhibe una baja afinidad nanomolar para varias estructuras plegadas de G4.
• El modelado estructural predijo con precisión las interacciones clave de aminoácidos y las afinidades de unión.
• SG4 puede expresarse intracelularmente y usarse para visualizar G4 endógenos en células vivas.
• El SG4 facilita el mapeo in situ y de la cromatina en G4.

Conclusiones:

• SG4 es una potente sonda de nanobody para la detección y mapeo de G4.
• Supera las limitaciones de las sondas G4 anteriores, permitiendo nuevas investigaciones celulares.
• SG4 representa una herramienta valiosa para el estudio de G4 en su contexto celular nativo.