La minería de metatranscriptomas revela un vasto mundo de ARN circulares parecidos a los viroides

Área de la Ciencia:

• Virología
• Biología computacional
• La genómica

Sus antecedentes:

• Los viroides y los ARN circulares parecidos a viroides (cccRNA) son replicadores mínimos que carecen de genes codificadores de proteínas.
• Su replicación se basa en la maquinaria celular del huésped.
• El alcance total y la diversidad de estos agentes siguen siendo en gran medida desconocidos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y aplicar una tubería computacional para la identificación de ARNc tipo viroide.
• Evaluar la diversidad y la prevalencia de estos agentes en varios transcriptomas.
• Descubrir nuevos tipos de elementos parecidos a los viroides y sus posibles huéspedes.

Principales métodos:

• Desarrollo de una tubería computacional para la identificación de los cccRNA.
• Aplicación de la tubería a 5.131 metatranscriptomas y 1.344 transcriptomas de las plantas.
• Análisis bioinformático de los cccRNA identificados para su clasificación y caracterización.

Principales resultados:

• Identificación de 11.378 cccRNAs similares a viroides en 4.409 grupos a nivel de especie, un aumento de cinco veces en comparación con los descubrimientos anteriores.
• Descubrimiento de varios viroides putativos, ARN satélite, retrozimas y virus parecidos a las ribozimas.
• Detección de ribozimas autoclasificadas en varios tipos de cccRNA y evidencia que sugiere la replicación procariótica.

Conclusiones:

• Los cccRNAs parecidos a virus son más diversos y extendidos de lo que se reconocía anteriormente.
• Estos agentes poseen un rango de huéspedes más amplio, que potencialmente incluye a los procariotas.
• Los hallazgos requieren una reevaluación de las funciones y el impacto de los replicadores mínimos en varios ecosistemas.