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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

3.6K
Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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Translatómica de una sola célula con resolución molecular

Hu Zeng1,2, Jiahao Huang1,2, Jingyi Ren1,2

  • 1Department of Chemistry, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA.

Science (New York, N.Y.)
|June 29, 2023
PubMed
Resumen

Los investigadores desarrollaron RIBOmap, un nuevo método para mapear la traducción del ARN mensajero (ARNm) en células individuales. Esta técnica revela patrones de expresión génica específicos de la célula y la traducción localizada en el cerebro.

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Área de la Ciencia:

  • Biología molecular
  • La genética
  • La neurociencia

Sus antecedentes:

  • El control preciso de la traducción del ARN mensajero (ARNm) es vital para la regulación genética.
  • El estudio de la traducción de ARNm a escala transcriptómica con resolución espacial y de una sola célula es un desafío.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar un nuevo método para el perfilado in situ del translatoma celular.
  • Permitir el estudio sistemático de la traducción del ARNm con resolución espacial y de una sola célula.

Principales métodos:

  • Desarrolló el mapeo de ARNm ligado al ribosoma (RIBOmap), una técnica de perfilado 3D in situ altamente multiplexada.
  • Se aplicó RIBOmap para perfilar 981 genes en células HeLa y 5413 genes en tejidos cerebrales de ratón.

Principales resultados:

  • RIBOmap reveló un control traslacional dependiente del ciclo celular y la colocalización de los módulos de genes funcionales en las células HeLa.
  • Se generaron perfiles translatómicos de una sola célula con resolución espacial para 119.173 células cerebrales de ratón.
  • Regulación traslacional específica del tipo celular y de la región cerebral identificada, incluida la maduración de los oligodendrocitos.
  • Se detectó una traducción localizada generalizada en las células neuronales y gliales dentro del tejido cerebral intacto.

Conclusiones:

  • RIBOmap es una herramienta poderosa para estudiar el translatoma en alta resolución.
  • El método proporciona nuevos conocimientos sobre la regulación traslacional espacial y unicelular en tejidos complejos.
  • Reveló remodelación dinámica traslacional durante el desarrollo de oligodendrocitos y traducción localizada en células cerebrales.