La espectrometría de masas nativa de arriba hacia abajo descubre dos motivos de unión distintos de un Aptamer de...

Área de la Ciencia:

• La bioquímica
• Biología molecular
• Biología estructural

Sus antecedentes:

• La unión de ligandos a los ácidos ribonucleicos (ARN) es crucial para los procesos biológicos y el desarrollo de fármacos.
• Neomicina B es un antibiótico aminoglucósido con interacciones conocidas con el ARN.

Objetivo del estudio:

• Para investigar la unión de la neomicina B a las construcciones de aptamer de riboswitch sensibles a la neomicina.
• Determinar los sitios de unión y las interacciones de la neomicina B mediante espectrometría de masas.

Principales métodos:

• Espectrometría de masas nativa de arriba hacia abajo (MS) con ionización por electrospray (ESI) y disociación activada por colisión (CAD).
• Análisis de las construcciones de aptámero de 27 y 40 n.
• Análisis estructural y comparación con datos de resonancia magnética nuclear (RMN).

Principales resultados:

• Los datos de MS para un constructo de 27 nt confirmaron sitios de unión e interacciones consistentes con las estructuras de RMN.
• Para un constructo de 40 nt, se identificaron dos motivos de unión de neomicina B igualmente poblados: una interacción de bulto-bucle y una interacción de ranura menor.
• Las modificaciones del par de bases de ARN en el tallo inferior alteraron significativamente la afinidad de unión de la neomicina B y la distribución entre los motivos.

Conclusiones:

• La espectrometría de masas proporciona información específica del sitio y resuelta por estequiometría sobre las interacciones aminoglucósido-ARN.
• Los pares de bases no canónicos juegan un papel significativo en el reconocimiento de ARN por aminoglucósidos como la neomicina B.
• Comprender estas interacciones es clave para el desarrollo de fármacos basados en ARN.