La pantalla de Oligopaint de alto rendimiento identifica los reguladores del genoma 3D que pueden administrarse...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• Biología celular

Sus antecedentes:

• El genoma humano es un polímero de cromatina 3D gobernado por complejas interacciones cromosómicas.
• Comprender las proteínas que regulan estas interacciones es crucial pero limitado.
• Se han identificado pocos reguladores del plegamiento del genoma y la arquitectura nuclear.

Objetivo del estudio:

• Identificar nuevos factores proteicos que regulan el plegamiento del genoma y las interacciones de la cromatina.
• Desarrollar y utilizar una tubería de imágenes automatizada para la medición cuantitativa de las interacciones de la cromatina.
• Para examinar el genoma humano susceptible a las drogas en busca de reguladores de la organización del genoma entre fases.

Principales métodos:

• Se ha desarrollado un etiquetado de ADN o ARN de alto rendimiento con una tubería de imágenes automatizada de Oligopaints optimizada (HiDRO).
• Interacciones de cromatina medidas cuantitativamente en células individuales a través de miles de muestras.
• Se examinó el genoma humano susceptible a medicamentos para identificar los factores que influyen en el plegamiento del genoma.

Principales resultados:

• Identificó más de 300 factores que influyen en el plegamiento del genoma durante la interfase.
• Validación de 43 genes que modulan las interacciones entre dominios topológicamente asociados.
• Se demostró que la inhibición de la GSK3A quinasa aumenta el bucle de cromatina de largo alcance en todo el genoma de una manera dependiente de la cohesión.

Conclusiones:

• La señalización GSK3A juega un papel importante en el mantenimiento de la arquitectura nuclear.
• La tubería HiDRO es eficaz para identificar los mecanismos de organización espacial del genoma.
• Numerosos factores regulan el plegamiento del genoma, ofreciendo nuevos objetivos para comprender la organización nuclear.