El etiquetado de fotoproximidad μMap permite el mapeo del sitio de unión de moléculas pequeñas

Área de la Ciencia:

• Biología Química
• Descubrimiento de drogas
• Proteomía

Sus antecedentes:

• La caracterización del sitio de unión al ligando es vital en el descubrimiento de fármacos, especialmente para el cribado fenotípico donde los objetivos son inicialmente desconocidos.
• Los métodos existentes como la cristalografía de rayos X y el etiquetado de fotoafinidad (PAL) tienen limitaciones, incluidos los desafíos técnicos, la mala señal y el análisis de datos complejos.

Objetivo del estudio:

• Establecer un enfoque fotocatalítico robusto y general para mapear los sitios de unión a las proteínas, identificando los residuos proximales a la bolsa de unión al ligando.
• Demostrar la utilidad de este método para el análisis de diversas proteínas objetivo y fármacos candidatos, incluidos aquellos sin datos estructurales existentes.

Principales métodos:

• Desarrollo de un método fotocatalítico catalítico (μMap) para el mapeo del sitio de unión a las proteínas.
• Utilizando la activación catalítica para etiquetar los aminoácidos en la proximidad del sitio de unión del ligando.
• Aplicación del método in vitro a seis proteínas objetivo y en células vivas.

Principales resultados:

• Mapeado con éxito sitios de unión de seis objetivos de proteínas diversos, incluidas las quinasas y los pegamentos moleculares.
• Investigó el sitio de unión del inhibidor STAT3 MM-206, un ligando que carece de datos sobre la estructura cristalina.
• Se ha demostrado la cartografía exitosa de los sitios de unión del fármaco dentro de las células vivas.

Conclusiones:

• μMap proporciona un método potente y generalizable para identificar aminoácidos cerca de las bolsas de unión de ligandos.
• La técnica genera valiosos datos de compromiso del objetivo a nivel de aminoácidos y péptidos.
• μMap permite la caracterización del sitio de unión in vitro y en células vivas, avanzando los esfuerzos de descubrimiento de fármacos.