La genómica de una sola célula de archivo revela subclones persistentes durante la progresión de DCIS

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología del cáncer
• Patología molecular

Sus antecedentes:

• El carcinoma ductal in situ (DCIS) es un precursor del cáncer de mama invasivo, pero su progresión genómica hasta la recurrencia es poco conocida.
• El perfil genómico de los tejidos con parafina fijada en formalina (FFPE), común en entornos clínicos, presenta desafíos significativos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un método de secuenciación de ADN unicelular de alto rendimiento compatible con los materiales FFPE.
• Investigar el panorama genómico y la trayectoria evolutiva del DCIS y su progresión hacia la enfermedad recurrente.

Principales métodos:

• Desarrollo de Arc-well, una nueva técnica de secuenciación de ADN de una sola célula para muestras de FFPE.
• Perfilamiento de 40.330 células individuales de líneas celulares, tejido congelado y 27 muestras de tumores FFPE (mama, pulmón, próstata) almacenados durante 3 a 31 años.
• Análisis genómico comparativo de muestras coincidentes de DCIS y cáncer recurrente de 10 pacientes.

Principales resultados:

• Arc-well ha perfilado con éxito células individuales de muestras de FFPE envejecidas.
• Muchas muestras primarias de DCIS mostraron duplicación de todo el genoma y diversificación clonal.
• Los linajes genómicos se compartieron entre el DCIS primario y los subclones persistentes en los cánceres recurrentes.
• Cuello de botella evolutivo observado en la mayoría de los casos de DCIS, con aberraciones cromosómicas específicas relacionadas con la recurrencia.

Conclusiones:

• Arc-well es un método viable para el análisis genómico de una sola célula de tejidos FFPE.
• El DCIS en etapa temprana posee una heterogeneidad genómica significativa y un potencial evolutivo.
• Comprender la evolución genómica del DCIS es crucial para predecir y prevenir la recurrencia del cáncer.