El enlace cleable basado en silano compatible con la fase sólida permite la quimioproteómica cuantitativa isobárica...

Área de la Ciencia:

• Proteomía
• Biología Química
• Descubrimiento de drogas

Sus antecedentes:

• La quimioproteómica basada en la espectrometría de masas es vital para la biología funcional y el descubrimiento de medicamentos.
• Los métodos existentes se enfrentan a desafíos en la síntesis de reactivos y el rendimiento de la preparación de muestras.

Objetivo del estudio:

• Establecer un nuevo flujo de trabajo de quimioproteómica, proteómica etiquetada isotópica (sCIP) a base de silano, para superar las limitaciones actuales.
• Permitir una preparación y análisis de muestras eficientes y de alto rendimiento para la identificación de las interacciones proteína-ligando.

Principales métodos:

• Desarrolló una síntesis escalable para los aminoácidos protegidos por dialcoxidifenilsilano fluorenilmetiloxicarbonilo (DADPS-Fmoc).
• Se han creado reactivos de captura de biotina personalizables, etiquetados isotópicamente y químicamente clivantes.
• Implementación de sCIP con cuantificación MS1/MS2, con etiquetas isobáricas ensambladas por clic para el etiquetado y la agrupación tempranos, lo que permite la multiplexación de seis plexos.

Principales resultados:

• El método sCIP simplifica la preparación de muestras, aumentando el rendimiento y la cobertura de datos.
• Junto con el análisis de FragPipe, sCIP identificó pares conocidos y nuevos de cisteína-ligando.
• Se descubrió que el agente de desacoplamiento mitocondrial FCCP funciona como un electrófilo reactivo a la cisteína reversible por covalencia.

Conclusiones:

• El método sCIP ofrece una plataforma robusta y eficiente para la quimioproteómica.
• Este enfoque avanza en la biología funcional y el descubrimiento de fármacos al permitir una identificación completa de las interacciones cisteína-ligando.
• Los hallazgos ponen de relieve el nuevo mecanismo de acción del FCCP como electrófilo reactivo a la cisteína.