La proteogenómica pancancerígena amplía el panorama de objetivos terapéuticos

Área de la Ciencia:

• En el campo de la oncología
• Proteogenomía
• Biología computacional

Sus antecedentes:

• Un número limitado de proteínas a las que se dirigen los medicamentos contra el cáncer aprobados por la FDA.
• Necesidad de nuevos objetivos terapéuticos en el tratamiento del cáncer.

Objetivo del estudio:

• Identificar objetivos terapéuticos potenciales mediante la integración de datos proteogenómicos.
• Descubra las dependencias farmacológicas y priorice los neoantígenos para las terapias contra el cáncer.

Principales métodos:

• Datos de proteogenómica del Consorcio de Análisis Clínico Proteómico de Tumores (CPTAC) con conjuntos de datos públicos.
• Se realizó un análisis pancancerológico de las proteínas farmacológicas y de los datos de las pruebas genéticas.
• Se utilizó el análisis proteogenómico y la predicción de la unión del MHC para la identificación del objetivo.

Principales resultados:

• Factores biológicos identificados que afectan la correlación entre el ARNm y las proteínas en 10 tipos de cáncer.
• Se han descubierto dependencias farmacológicas inducidas por la sobreexpresión/hiperactivación de proteínas.
• Los péptidos mutantes KRAS priorizados como neoantígenos y los péptidos designados como objetivos de inmunoterapia.

Conclusiones:

• Paisaje completo de objetivos de proteínas y péptidos para el diagnóstico y el desarrollo de terapias.
• La identificación proteogenómica de la letalidad sintética ofrece una estrategia para atacar la pérdida de genes supresores de tumores.
• Confirmación experimental de antígenos asociados al tumor identificados por computación para la inmunoterapia.