Nacimiento de pliegues y funciones de proteínas en el viroma

Área de la Ciencia:

• Virología
• Biología estructural
• Inmunología

Sus antecedentes:

• Los virus evolucionan rápidamente, produciendo proteínas con funciones desconocidas debido a la divergencia de secuencias.
• Una parte significativa de las proteínas virales carecen de homólogos estructurales identificables en las bases de datos existentes.

Objetivo del estudio:

• Analizar la diversidad estructural de las proteínas virales e identificar las funciones potenciales.
• Investigar los mecanismos conservados de las interacciones entre el virus y el huésped, particularmente en la evasión inmune.

Principales métodos:

• Construcción y análisis de una base de datos de 67,715 estructuras de proteínas predichas de 4,463 especies virales eucariotas.
• Comparaciones estructurales con proteínas conocidas, incluidas las de la base de datos AlphaFold.
• Validación experimental de las funciones de las proteínas identificadas, centrada en las vías de evasión inmunológica.

Principales resultados:

• El 62% de las proteínas virales eran estructuralmente únicas, sin homólogos de AlphaFold.
• Se encontraron similitudes estructurales entre las proteínas virales y las proteínas del huésped, lo que sugiere funciones compartidas.
• Se identificaron funciones putativas, incluida la evasión inmune, para el 25% de las proteínas virales no anotadas.
• Se identificaron las fosfodiesterasas tipo T de la ARN ligasa como hidrolizantes de la GMP-AMP cíclica (cGAMP), un mecanismo de evasión inmune conservado tanto en bacteriófagos como en virus eucariotas.

Conclusiones:

• Una nueva base de datos estructural de proteínas virales proporciona información sobre las interacciones entre virus y huésped.
• La hidrólisis de cGAMP mediada por la ARN ligasa T representa una estrategia de evasión inmune viral conservada evolutivamente.
• Este trabajo abre caminos para identificar mecanismos comunes en todo el viroma.