Exploración espacial de la biología del ARN en tejidos de archivo con parafina fijada en la formalina

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• Histopatología

Sus antecedentes:

• La exploración espacial de la biología del ARN en tejidos con parafina fijada en formalina (FFPE) es crítica para la investigación histopatológica.
• Los métodos existentes se enfrentan a limitaciones en la detección de diversas especies de ARN dentro de muestras clínicas archivadas.

Objetivo del estudio:

• Introducir el código de barras determinista compatible con la patología en los tejidos (Patho-DBiT) para el análisis transcriptómico espacial de muestras de FFPE.
• Permitir un perfil detallado de las especies de ARN, incluida la expresión génica, el empalme y las variantes, dentro de los tejidos FFPE.

Principales métodos:

• Patho-DBiT combina poliadenilación in situ y enfoques computacionales para la secuenciación espacial de todo el transcriptoma.
• El método está optimizado para muestras de FFPE archivadas clínicamente, incluidas las almacenadas durante un máximo de 5 años.

Principales resultados:

• Patho-DBiT permite el co-perfilado espacial de la expresión génica y el procesamiento de ARN, identificando isoformas de empalme específicas de la región.
• Se logró un mapeo transcriptómico de alta sensibilidad y la captura de variantes de ARN de un solo nucleótido en todo el genoma.
• La plataforma mapeó con éxito las redes reguladoras de microARN, las dinámicas de empalme de ARN y diseccionó las dinámicas celulares espacio-temporales en la progresión del tumor.

Conclusiones:

• Patho-DBiT es una plataforma valiosa para desentrañar la biología compleja del ARN en los tejidos FFPE.
• Esta tecnología puede ayudar a distinguir subclones malignos y comprender la arquitectura y progresión clonal del tumor.
• Patho-DBiT tiene un potencial significativo para avanzar en la evaluación de la patología clínica.