Estimación de la polaridad del interior de la proteína por espectroscopia óptica

Área de la Ciencia:

• La bioquímica es la bioquímica.
• Estructura de las proteínas Estructura de las proteínas
• La espectroscopia es una técnica de espectroscopia.

Sus antecedentes:

• La cristalografía sugiere que el bolsillo hemo de la mioglobina es no polar.
• La polaridad interior de las proteínas a menudo se estima utilizando sondas fluorescentes.
• 1-amino-8-naftaleno sulfonato (ANS) y 6-propionil 2-(N,N-dimetil) aminonaftaleno (PRODAN) son las sondas más comunes.

Objetivo del estudio:

• Para sintetizar una nueva sonda fluorescente con mayor afinidad para la apomioglobina.
• Para determinar la verdadera polaridad del bolsillo hemo de la mioglobina utilizando la nueva sonda.
• Para investigar la fuente de la polaridad de la bolsa de heme.

Principales métodos:

• Síntesis del ácido 2'-(N,N-dimetil) amino-6-naftopil-4-trans-ciclohexanóico (DANCA).
• Utilizando las propiedades espectroscópicas de DANCA para sondear el entorno del bolsillo hemo de la mioglobina.
• Análisis de datos espectroscópicos para inferir la polaridad.

Principales resultados:

• Se descubrió que el bolsillo hemo de la mioglobina es un entorno polar.
• La polaridad observada es consistente con las contribuciones de los dipolos de péptido amida.
• DANCA demostró propiedades espectroscópicas ventajosas y una alta afinidad por la apomioglobina.

Conclusiones:

• El bolsillo hemo de la mioglobina es polar, contrario a las suposiciones cristalográficas anteriores.
• Los dipolos de amida peptídica son un factor significativo en la polaridad de la bolsa de hemo.
• DANCA es una sonda fluorescente adecuada para evaluar la polaridad interior de las proteínas.