Clasificación clínica basada en la edición del genoma de saturación de las variantes de BRCA2

Área de la Ciencia:

• Genética y genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Las pruebas de secuenciación revelan numerosas variantes de BRCA2, pero muchas se clasifican como variantes de importancia incierta (VUS) debido a la insuficiencia de datos.
• La clasificación precisa de BRCA2 VUS es crucial para el asesoramiento genético y el manejo del paciente, particularmente con respecto al riesgo de cáncer.

Objetivo del estudio:

• Caracterizar funcionalmente casi todas las variantes de nucleótido único (SNV) en el dominio de unión al ADN carboxilato-terminal BRCA2 utilizando la edición de genoma de saturación CRISPR-Cas9.
• Generar un mapa completo de la función de la secuencia de las variantes de BRCA2 para ayudar en la interpretación clínica.

Principales métodos:

• Utilizó la edición del genoma de saturación CRISPR-Cas9 en una línea de células madre embrionarias de ratón humanizadas para evaluar el impacto funcional de los SNV.
• Se generaron puntuaciones de función para 6.551 SNV a través de los exones BRCA2 15-26, cubriendo el 96,4% de las posibles variantes en esta región.
• Datos funcionales integrados con las bases de datos de variantes clínicas existentes (ClinVar), ensayos ortogonales y predictores computacionales.

Principales resultados:

• Se asignaron clasificaciones funcionales a 6.551 SNV, incluidos 1.282 VUS sin sentido de ClinVar, reclasificando el 77,2% como benigno y el 20,4% como patógeno.
• Se identificaron 3.384 SNV benignos y 776 patógenos en la región estudiada.
• Se ha logrado una alta concordancia con los datos de patogenicidad existentes y las predicciones computacionales.

Conclusiones:

• El ensayo funcional desarrollado y el mapa de función de secuencia resultante proporcionan un recurso sólido para interpretar las variantes no identificadas de BRCA2.
• Este sistema de clasificación ayuda a los médicos y asesores genéticos a evaluar el SIV BRCA2 en los pacientes, mejorando la precisión del diagnóstico y la atención al paciente.