Transcriptómica espacial altamente multiplexada en las bacterias

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• Biología molecular
• La genómica

Sus antecedentes:

• Los comportamientos de una sola célula bacteriana son cruciales pero difíciles de estudiar debido al denso ARN mensajero.
• Los métodos de transcriptómica basados en imágenes existentes se enfrentan a limitaciones con una alta densidad de ARN bacteriano.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método de alto rendimiento y resolución espacial para perfilar el ARN en bacterias individuales.
• Para superar el desafío del ARN mensajero bacteriano denso en los enfoques de imágenes.

Principales métodos:

• Expansión volumétrica combinada de 1000 veces con fluorescencia multiplejada resistente a errores en la hibridación in situ (MERFISH).
• Desarrollado bacteriano-MERFISH para perfiles de ARN de alto rendimiento y resolución espacial en una sola bacteria.

Principales resultados:

• Perfilado con éxito miles de operones dentro de las bacterias individuales.
• Sección de la respuesta de Escherichia coli al hambre de carbono.
• Se ha mapeado la organización del ARN subcelular y se ha trazado la adaptación de los *Bacteroides thetaiotaomicron* a los nichos intestinales.

Conclusiones:

• Bacterial-MERFISH permite una visión sin precedentes de la heterogeneidad bacteriana de una sola célula.
• El método es ampliamente aplicable al estudio de bacterias en entornos diversos, nativos y estructurados espacialmente.