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Ligand Binding and Linkage00:49

Ligand Binding and Linkage

4.7K
Allosteric proteins have more than one ligand binding site; the binding of a ligand to any of these sites influences the binding of ligands to the other sites. When a protein is allosteric, its binding sites are called coupled or linked.  In the case of enzymes, the site that binds to the substrate is known as the active site and the other site is known as the regulatory site. When a ligand binds to the regulatory site, this leads to conformational changes in the protein that can influence...
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Jules Schleinitz1, Alba Carretero-Cerdán1,2, Anjali Gurajapu1

  • 1The Warren and Katharine Schlinger Laboratory for Chemistry and Chemical Engineering, Division of Chemistry and Chemical Engineering, California Institute of Technology, Pasadena, California 91125, United States.

Journal of the American Chemical Society
|February 21, 2025
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

Los modelos de aprendizaje automático predicen con precisión la regioselectividad de la funcionalización C-H. Las estrategias de aprendizaje activo seleccionan de manera eficiente conjuntos de datos más pequeños, superando la selección aleatoria para objetivos químicos complejos.

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Área de la Ciencia:

  • Química orgánica
  • Química computacional
  • Aprendizaje automático

Sus antecedentes:

  • La predicción de la regioselectividad en la funcionalización C ((sp3) -H es crucial para la química sintética.
  • Los métodos actuales a menudo se basan en la extrapolación intuitiva de sustratos modelo, lo que limita la precisión de las moléculas complejas.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar modelos de aprendizaje automático para predecir la regioselectividad de la funcionalización C ((sp3) -H.
  • Investigar la eficacia de las estrategias de aprendizaje activo en la compilación de conjuntos de datos eficientes para la formación de modelos.
  • Proporcionar una alternativa cuantitativa y basada en datos a los métodos tradicionales de predicción de la reactividad.

Principales métodos:

  • Curated un conjunto de datos para oxidaciones de dioxiranos de la literatura existente.
  • Desarrolló y comparó varias funciones de adquisición para la selección de conjuntos de datos basados en el aprendizaje activo.
  • Reactividad y incertidumbre del modelo estimadas en las funciones de adquisición de aprendizaje activo.
  • Validación experimental del flujo de trabajo en sustratos complejos y borilación de radicales C-H.

Principales resultados:

  • Las funciones de adquisición de aprendizaje activo que incorporan reactividad e incertidumbre superaron a los métodos basados en la similitud.
  • La curaduría de conjuntos de datos utilizando funciones de adquisición redujo significativamente el número de puntos de datos requeridos.
  • Los conjuntos de datos más pequeños diseñados por máquina lograron predicciones precisas donde los conjuntos de datos más grandes y seleccionados al azar fallaron.
  • El flujo de trabajo desarrollado demostró su aplicabilidad a la predicción de la regioselectividad en la borilación de radicales arenosas C-H.

Conclusiones:

  • Los modelos de aprendizaje automático, particularmente cuando se entrenan en conjuntos de datos curados por aprendizaje activo, ofrecen un enfoque poderoso y eficiente para predecir la regioselectividad de la funcionalización C-H.
  • Esta metodología basada en datos proporciona una alternativa cuantitativa y confiable a los métodos tradicionales, a menudo menos precisos, para moléculas complejas.
  • El flujo de trabajo desarrollado agiliza el proceso de predicción, reduciendo el esfuerzo experimental y mejorando la precisión.