Video Experimental Relacionado
Updated: May 22, 2025
00:09
Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells
Published on: September 4, 2019
21.6K
El cribado simultáneo de CRISPR y la transcriptómica espacial revelan circuitos transcripcionales intracelulares,
Loϊc Binan1, Aiping Jiang2, Serwah A Danquah3
1Spatial Technology Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
Cell
|March 13, 2025
Resumen
Perturb-FISH combina imágenes y transcriptómica para revelar las funciones genéticas en las células. Este poderoso método descubre cómo los genes regulan el comportamiento celular y las interacciones en sistemas biológicos complejos.
Área de la Ciencia:
- Biología molecular
- La genómica
- Biología celular
Sus antecedentes:
- Las pantallas ópticas combinadas ofrecen análisis celulares a gran escala, pero carecen de conocimientos transcriptómicos de alto complejo.
- Los métodos actuales luchan por vincular los datos celulares espaciales y funcionales con las vías moleculares a resolución de una sola célula.
Objetivo del estudio:
- Desarrollar un nuevo método que integre la transcriptómica espacial con la detección de ARN guía para la genómica funcional.
- Investigar las redes reguladoras de genes en respuestas celulares y modelos de enfermedades.
Principales métodos:
- Desarrollado Perturb-FISH, que combina la transcriptómica espacial de imágenes con la detección de ARN guía amplificada in situ.
- Perturb-FISH aplicado para estudiar la respuesta de lipopolisacáridos en monocitos, modelos 3D de xenotransplantes tumorales y genes de riesgo de trastornos del espectro autista en astrocitos hIPSC.
Principales resultados:
- Perturb-FISH captura con precisión los efectos de la perturbación intracelular, similar a Perturb-seq.
- Se identificó la regulación intercelular y dependiente de la densidad de las respuestas inmunes innatas.
- Se revelaron interacciones tumoral-inmunes afectadas por el knockout genético e identificaron interacciones y vías genéticas en los astrocitos hIPSC relacionadas con el trastorno del espectro autista.
Conclusiones:
- Perturb-FISH es un método versátil para diseccionar los fundamentos genéticos y moleculares de la biología espacial y funcional a resolución de una sola célula.
- Permite la genómica funcional a gran escala al vincular el genotipo con los fenotipos celulares espaciales y funcionales.
