Las interacciones del factor de transcripción guiadas por el ADN extienden el código regulador del gen humano

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• Biología de sistemas

Sus antecedentes:

• Los factores de transcripción (TF) que se unen al ADN forman el código regulador genético, crucial para el destino celular y los programas de transcripción.
• La regulación genética humana es compleja, involucrando a más de 1.600 TFs que interactúan, pero el paisaje de sus interacciones ligadas al ADN sigue estando mal definido.

Objetivo del estudio:

• Mapear las interacciones bioquímicas entre los factores de transcripción humanos vinculados al ADN.
• Identificar las preferencias de unión TF-TF, las interacciones y las secuencias de ADN unidas simultáneamente.
• Descubrir nuevos motivos compuestos formados por pares de TF que interactúan.

Principales métodos:

• Se utilizó CAP-SELEX (Procesamiento de matrices celulares - Evolución sistemática de los ligandos por enriquecimiento exponencial), un método de alto rendimiento.
• Se examinaron más de 58.000 pares de factor de transcripción-factor de transcripción para identificar los pares que interactúan y sus preferencias de unión al ADN.

Principales resultados:

• Se identificaron 2.198 pares de TF que interactúan, de los cuales 1.329 muestran un vínculo preferencial con arreglos de motivos específicos.
• Descubrió 1.131 nuevos motivos compuestos TF-TF, distintos de los motivos TF individuales.
• Se estima que la pantalla identificó entre el 18% y el 47% de todos los motivos humanos de TF-TF.

Conclusiones:

• Los nuevos motivos compuestos están enriquecidos con elementos específicos del tipo de célula, son activos in vivo y a menudo se forman entre TFs coexpresadas en el desarrollo.
• Las interacciones entre los TF que definen los ejes embrionarios explican cómo los TF similares pueden especificar tipos de células distintos a lo largo de estos ejes.