Cuantificación multiplexada de alto rendimiento de moléculas por secuenciación de Aptamer (Apt-seq) en células...

Área de la Ciencia:

• Biotecnología
• Biología molecular
• La genómica

Sus antecedentes:

• La secuenciación de alto rendimiento transforma las ciencias de la vida, pero se enfrenta a desafíos con moléculas no secuenciables directamente como anticuerpos y glicanos.
• Los métodos existentes para la secuenciación de anticuerpos y glicanos son complejos, implican obstáculos estéricos y requieren un etiquetado intensivo en mano de obra.
• Los aptámeres ofrecen especificidad, amplia focalización y tamaño pequeño, lo que los hace adecuados para el perfil molecular multimodal.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar Apt-seq, una plataforma de alto rendimiento basada en aptamer para la cuantificación de ómicos multimodales con resolución de una sola célula.
• Introducir Aptomics, una estrategia integradora para el perfil paralelo de las proteínas de la superficie celular, los glicanos y el ARNm.
• Demostrar la capacidad de la plataforma para analizar muestras biológicas complejas e identificar nuevos biomarcadores.

Principales métodos:

• Desarrolló Apt-seq, una plataforma de secuenciación basada en aptamer para el perfil molecular multimodal.
• Selección y secuenciación integradas de aptameros para la cuantificación simultánea de proteínas, glicanos y ARNm.
• Validaron la plataforma utilizando líneas celulares y muestras clínicas complejas, comparando los resultados con la citometría de flujo.

Principales resultados:

• Apt-seq demostró una fuerte concordancia con la citometría de flujo para los análisis a granel y de células individuales.
• La plataforma perfilaba con precisión la heterogeneidad tumoral en muestras clínicas, identificando una subpoblación que expresaba PTK7 relacionada con el tallo.
• Se observaron cambios dinámicos en la sialización durante la diferenciación de las células T, mostrando un aumento del ácido siálico en las células T funcionales.

Conclusiones:

• Aptomics, impulsado por Apt-seq, permite la secuenciación de moléculas previamente no secuenciables como proteínas y glicanos.
• La plataforma ofrece una solución versátil y escalable para la cuantificación molecular integral en sistemas biológicos complejos.
• Apt-seq avanza en la ciencia cuantitativa al permitir el análisis simultáneo de moléculas directamente e indirectamente secuenciables.