Perturb-Multimodal: una plataforma para pruebas genéticas combinadas con imágenes y secuenciación en tejido intacto...

Área de la Ciencia:

• Biología celular y molecular
• La genética
• Biología de sistemas

Sus antecedentes:

• La vida de los metazoos depende de la actividad coordinada de los genes en diversos tipos de células.
• La comprensión de la función del tejido requiere diseccionar el control genético in vivo de los fenotipos celulares y de los tejidos.

Objetivo del estudio:

• Para presentar Perturb-Multimodal (Perturb-Multi), un nuevo método de imagen y secuenciación emparejado.
• Para construir mapas de genotipo-fenotipo multimodal a gran escala en los tejidos utilizando perturbaciones genéticas agrupadas.

Principales métodos:

• Perturb-Multi integra imágenes para la identificación de perturbaciones celulares individuales, perfiles de expresión génica y medición de la morfología subcelular.
• La secuenciación simultánea de una sola célula captura las respuestas transcriptómicas completas a las perturbaciones genéticas.
• El método se aplicó a cientos de perturbaciones genéticas en el tejido hepático del ratón.

Principales resultados:

• El estudio identificó los reguladores genéticos y los mecanismos que rigen la zonificación de los hepatocitos.
• Se aclaró el control genético sobre la respuesta proteica desplegada en las células hepáticas.
• Los fundamentos genéticos de la esteatosis se investigaron utilizando este enfoque multimodal.

Conclusiones:

• Perturb-Multimodal (Perturb-Multi) acelera significativamente el descubrimiento de bases genéticas para la compleja fisiología celular y tisular.
• Los datos generados sirven como conjuntos de datos de entrenamiento críticos para modelos de aprendizaje automático de la función celular.