Variación estructural en 1.019 humanos diversos basados en secuencias de larga lectura

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Genética de las poblaciones
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Las variantes estructurales genómicas (SV) son cruciales para la diversidad genética y las enfermedades, pero están subcaracterizadas en grandes poblaciones.
• Los estudios anteriores que utilizan secuenciación de lectura corta tienen limitaciones en la identificación y caracterización integrales de los SV.

Objetivo del estudio:

• Construir un recurso genómico de cobertura intermedia utilizando secuenciación de larga lectura para la caracterización de SV en diversas poblaciones humanas.
• Identificar y genotipar un gran número de SV resueltos en la secuencia y un número variable de repeticiones en tándem (VNTR).

Principales métodos:

• Se llevó a cabo la secuenciación de larga lectura en 1.019 individuos de 26 poblaciones dentro del Proyecto 1000 Genomas.
• Análisis del genoma lineal y gráfico integrado para identificar y caracterizar las variantes estructurales.
• Número variable multialélico genotipado de repeticiones en tándem.

Principales resultados:

• Descubrió más de 100.000 variantes estructurales bialélicas resueltas por secuencia.
• El genotipo de 300.000 variantes multialélicas en el número de repeticiones en tándem.
• Caracterizó las deleciones, duplicaciones, inserciones e inversiones, revelando patrones específicos de la población y el papel de la retrotransposición y los procesos mediados por la homología en la formación de SV.

Conclusiones:

• La secuenciación de lectura larga proporciona un avance significativo para la caracterización de SV en estudios a escala de población en comparación con los enfoques de lectura corta.
• El recurso de acceso abierto generado mejora la comprensión de la variación estructural genómica y ayuda a priorizar las variantes para aplicaciones clínicas.