La secuenciación más-menos emparejada es un método de ultra alto rendimiento y precisión para la secuenciación de...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Distinguir la verdadera variación biológica (SNV) de los errores de secuenciación es crucial, especialmente para las variantes de baja frecuencia en la detección de cáncer y el mosaicismo somático.
• Los métodos de secuenciación dúplex actuales requieren una secuenciación excesiva extensa debido a las bajas tasas de captura de moléculas dúplex.

Objetivo del estudio:

• Introducir la secuenciación más-menos emparejada (ppmSeq) como un avance sobre las tecnologías de secuenciación dúplex existentes.
• Evaluar la eficiencia, las tasas de error y la aplicabilidad de ppmSeq en entornos clínicos para detectar variantes de baja frecuencia.

Principales métodos:

• Particiones de secuenciación más-menos emparejadas (ppmSeq) y amplifica clonalmente ambas hebras de ADN de una sola molécula a través de la PCR en emulsión.
• Ambas cadenas contribuyen a una sola lectura de secuencia, lo que permite el escalamiento lineal del rendimiento dúplex con cobertura.
• Comparación con las tecnologías de secuenciación dúplex existentes y evaluación de las tasas de error utilizando ADN genómico y libre de células.

Principales resultados:

• ppmSeq logró una recuperación dúplex superior (44% ± 5.5%) en comparación con las tecnologías dúplex líderes (~5-11%).
• Las tasas de error de detección de SNV residuales fueron tan bajas como 7.98x10-8 para el ADN genómico y 3.5x10-7 para el ADN libre de células.
• Se ha demostrado la eficacia de la detección de ADN tumoral circulante informado y no informado para el monitoreo del cáncer.

Conclusiones:

• ppmSeq proporciona un enfoque escalable, rentable y de alta fidelidad para la secuenciación de todo el genoma corregida por errores.
• La tecnología permite la detección sensible de ctDNA para el monitoreo de la enfermedad y la identificación de firmas de mutación específicas del cáncer.
• ppmSeq es adecuado para aplicaciones clínicas desafiantes y genética somática humana que requieren una identificación de mutaciones de alta precisión.