Desarrollo y validación de un protocolo basado en amplicones para la secuenciación del genoma del virus sincitial...

Área de la Ciencia:

• Virología
• La genómica
• Epidemiología

Sus antecedentes:

• El virus sincitial respiratorio humano (VSR) es una de las principales causas de infecciones respiratorias pediátricas graves.
• Las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) son cada vez más vitales para la vigilancia y el monitoreo de patógenos.
• La secuenciación de todo el genoma (WGS) es una herramienta valiosa para rastrear la evolución del RSV.

Objetivo del estudio:

• Informar sobre un ensayo de secuenciación del genoma completo (WGS) mejorado y de alto rendimiento.
• Para validar el rendimiento del ensayo directamente en muestras clínicas utilizando plataformas de secuenciación de lectura corta.
• Proporcionar un protocolo sólido para la epidemiología molecular y la vigilancia del RSV.

Principales métodos:

• Desarrollo de un ensayo RSV-WGS de alto rendimiento que amplifique tres amplicones distintos que cubran todo el genoma.
• Validación utilizando 100 muestras clínicas positivas para el RSV recogidas entre noviembre de 2022 y marzo de 2024.
• Evaluación del rendimiento del ensayo con muestras de baja carga viral (ciclo de valores de cuantificación de 27-32).

Principales resultados:

• El ensayo demostró una alta replicabilidad (aproximadamente 95%) incluso con bajas cargas virales.
• Se obtuvieron resultados significativos de secuenciación con una alta profundidad mediana de cobertura (> 12000×) y lecturas mapeadas (> 1 × 10^6).
• Los genomas secuenciados alcanzaron al menos el 98% de cobertura en todo el genoma.

Conclusiones:

• El ensayo RSV-WGS desarrollado es eficaz y adecuado para plataformas de secuenciación de lectura corta.
• El protocolo es fácil de realizar y altamente confiable para la epidemiología molecular y la vigilancia del RSV.
• Este método facilita un mejor seguimiento de la evolución y los patrones de transmisión del RSV.