LncCE: Paisaje de lncRNAs elevados celularmente en células individuales a través de tejidos normales y cancerosos

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Los ARN largos no codificantes (ARNlnc) son cruciales para la homeostasis celular y tisular.
• Las funciones reguladoras del lncRNA están vinculadas a sus patrones de expresión espacial específicos.
• Se necesita una exploración sistemática de los lncRNA en diversos tipos y condiciones celulares.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar el recurso LncRNA Elevado Celularmente (LncCE) para el análisis de lncRNA en células individuales.
• Proporcionar un atlas completo de los lncRNA elevados celularmente (CE) en los tejidos normales y cancerosos.
• Para permitir el análisis cuantitativo de la expresión de lncRNA y las asociaciones clínicas.

Principales métodos:

• Análisis de 181 conjuntos de datos de secuenciación de ARN de una sola célula.
• Se han incluido datos de 20 tejidos fetales, 59 de adultos normales y 32 de adultos/5 de tejidos cancerosos pediátricos.
• Desarrollo de una interfaz fácil de usar para la búsqueda de lncRNA por nombre o tipo de célula.

Principales resultados:

• El recurso LncCE contiene 87,946 entradas CE lncRNA en 149 tipos de células.
• Se presentan características de expresión detalladas, redes de coexpresión y roles funcionales de los lncRNA.
• Se proporcionan datos cuantitativos sobre los cambios de expresión del lncRNA específicos del cáncer y las asociaciones de supervivencia.

Conclusiones:

• LncCE ofrece una plataforma extensa, cuantitativa y fácil de usar para explorar los lncRNA a nivel de una sola célula.
• El recurso facilita la comprensión de las funciones del lncRNA en la fisiología normal y el cáncer.
• LncCE sirve como una herramienta valiosa para la investigación de lncRNA en contextos normales y de enfermedad.