Una pantalla de eliminación de CRISPR a escala de genoma en células de ovario de hámster chino revela regiones...

Área de la Ciencia:

• Biología celular
• La genómica
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• Las células del ovario del hámster chino (CHO) son cruciales para la producción biofarmacéutica.
• Los esfuerzos de ingeniería genética se han centrado principalmente en los genes codificantes, descuidando el vasto genoma no codificante.
• Comprender el genoma no codificante es vital para optimizar la función de las células CHO.

Objetivo del estudio:

• Investigar sistemáticamente la esencialidad de las regiones no anotadas del genoma celular CHO.
• Identificar los elementos genómicos críticos para la supervivencia y el fenotipo de las células CHO.
• Explorar nuevos objetivos para la ingeniería genética en el bioprocesamiento.

Principales métodos:

• Utilizó una plataforma de detección CRISPR a escala de genoma con ARN guía emparejado para eliminar 150 kb de secciones genómicas.
• Ejecutado una pantalla negativa para identificar las regiones esenciales mediante la detección de células moribundas.
• Caracterizó las regiones esenciales mediante la evaluación del estado de anotación, la actividad transcripcional y los estados de cromatina.

Principales resultados:

• Identificó 427 regiones genómicas esenciales en células CHO, muchas de las cuales carecen de anotaciones actuales o funciones conocidas.
• Demostró que la eliminación de algunas regiones esenciales es letal, lo que indica funciones reguladoras críticas.
• Estado de anotación proporcionado, actividad transcripcional y estados de cromatina para regiones esenciales identificadas.

Conclusiones:

• Una porción significativa del genoma de la célula CHO, considerado previamente
• materia oscura
• juega un papel crítico en la supervivencia celular.
• Estas regiones no codificadas esenciales albergan importantes funciones reguladoras.
• La comprensión de estas regiones en todo el genoma puede avanzar en la ingeniería celular CHO para el bioprocesamiento.