Proteína fluorescente verde SELEX: Química de inmovilización y sesgo epítopo de su etiqueta

Área de la Ciencia:

• La bioquímica
• Biología molecular
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• El desarrollo de aptámeres de ADN para objetivos de proteínas es crucial para el diagnóstico y la terapéutica.
• Los métodos actuales a menudo se enfrentan a limitaciones, incluidos los altos costos, los ensayos complejos y los sesgos de selección.
• La falta de sistemas de modelos estandarizados obstaculiza la investigación fundamental y las aplicaciones prácticas de los aptámeros.

Objetivo del estudio:

• Establecer un sistema modelo rentable y fiable para la selección de aptamer de ADN contra las proteínas.
• Identificar y mitigar los sesgos de selección, en particular los asociados con las etiquetas de proteínas.
• Para generar aptameros de alta calidad para la proteína fluorescente verde no modificada (GFP).

Principales métodos:

• Se realizaron tres selecciones de aptamer por separado utilizando proteína fluorescente verde (GFP).
• GFP inmovilizado tanto sin etiqueta como con etiqueta en resinas de afinidad activadas por NHS y Co2+.
• Se utilizaron ensayos de polarización por fluorescencia y alineación de secuencias para validar la especificidad de unión del aptamer.

Principales resultados:

• El sistema GFP/NHS produjo aptameros que se unen específicamente al GFP no modificado.
• Los aptámeros seleccionados con GFP etiquetado con His mostraron un sesgo significativo hacia el epítopo de His.
• Se descubrió que muchos de los aptameros informados anteriormente se unen a las etiquetas His en lugar de a las proteínas objetivo.
• Se obtuvo con éxito un aptamer modelo fiable para proteínas.

Conclusiones:

• La elección de la estrategia de inmovilización influye críticamente en la especificidad de la selección de aptamer.
• Las etiquetas His pueden introducir un sesgo significativo, lo que lleva a la selección de aptameros no específicos.
• El sistema GFP/NHS desarrollado proporciona un modelo robusto para el futuro descubrimiento de aptameros contra proteínas.
• Este estudio ofrece información crucial para mitigar el sesgo de la etiqueta His en los procesos de selección de aptamer.