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Updated: Sep 10, 2025
Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis
Published on: August 12, 2019
Secuenciación del genoma completo y anotaciones de Trametes sanguinea ZHSJ
Rathna Silviya Lodi1,2, Xiuwen Jia1, Peng Yang3
1Key Laboratory of Agro-Products Processing Technology of Shandong Province, Key Laboratory of Novel Food Resources Processing Ministry of Agriculture, Institute of Food & Nutrition Science and Technology, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, 250100, China.
Este estudio presenta el genoma completo y la secuencia del transcriptoma de Trametes sanguinea ZHSJ, un hongo de la madera de castaño. Los datos genómicos proporcionan una base para comprender sus beneficios y funciones potenciales.
Área de la Ciencia:
- Micología
- La genómica
- Las transcripciones
Sus antecedentes:
- Trametes sanguinea es un hongo de la familia de las poliporáceas.
- Su cuerpo frutal es conocido por varias propiedades beneficiosas.
Objetivo del estudio:
- Para realizar la secuenciación de todo el genoma y el transcriptoma de Trametes sanguinea ZHSJ.
- Anotar el genoma y el transcriptoma para obtener información funcional.
Principales métodos:
- Secuenciación y ensamblaje de todo el genoma.
- Secuenciación del ARN y ensamblaje del transcriptoma.
- Anotación de genes utilizando múltiples bases de datos y Funannotate.
- Análisis de repetición de secuencia simple (SSR).
Principales resultados:
- El tamaño del genoma de T. sanguinea ZHSJ es de 41.32 Mb con 135 contigs.
- Se anotaron 10.886 genes de la secuencia del genoma.
- El análisis del transcriptoma identificó 11.861 genes, de los cuales 10.507 fueron anotados.
- La predicción de Denovo identificó 12.268 genes codificantes.
- Se encontraron un total de 1.242 SSR, incluidos 707 motivos de repetición de trinucleótidos.
Conclusiones:
- Los datos del genoma y el transcriptoma proporcionan un recurso valioso para el estudio de Trametes sanguinea.
- Estos datos fundamentales pueden ayudar a comprender las funciones biológicas y las aplicaciones potenciales de este hongo.
