Introducción al recurso de datos del criobanco de microbiomas de cultivos del Reino Unido, AgMicrobiomeBase, con...

Área de la Ciencia:

• Ciencias Agrícolas
• Microbiología
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El proyecto Crop Microbiome Cryobank (UKCMCB) del Reino Unido creó AgMicrobiomeBase, un recurso de datos.
• Enlaza datos genómicos, metadatos del suelo y muestras criopreservadas para seis cultivos principales cultivados en diversos suelos agrícolas del Reino Unido.

Objetivo del estudio:

• Detallar los métodos basados en secuencias de meta códigos de barras y los flujos de trabajo de bioinformática utilizados en el proyecto UKCMCB.
• Presentar AgMicroBiomeBase como un catálogo de datos escalable y basado en secuencias vinculado a una colección de muestras criopreservadas.
• Para ilustrar la utilidad del recurso de datos a través de tres estudios de caso de análisis del microbioma.

Principales métodos:

• La secuenciación de amplicones de lectura corta del gen 16S rRNA y las regiones ITS se realizó en comunidades de rizosfera y suelo a granel.
• Se desarrollaron flujos de trabajo de bioinformática para el procesamiento y análisis de datos.
• Se creó un catálogo de datos, AgMicroBiomeBase, para vincular los datos de secuencia con los metadatos del suelo y las muestras criopreservadas.

Principales resultados:

• El estudio se centró en la secuenciación de amplicones, la bioinformática y el desarrollo de catálogos de datos.
• Tres estudios de caso demostraron cómo analizar el impacto de la textura / ubicación del suelo en la composición del microbioma, identificar microbiomas centrales para los cultivos y estudiar géneros específicos como Fusarium.
• AgMicroBiomeBase (https://agmicrobiomebase.org/data) enlaza con éxito los datos de secuencia con los metadatos del suelo y las muestras criopreservadas.

Conclusiones:

• El UKCMCB proporciona datos y recursos esenciales para el estudio de los microbiomas del suelo de los cultivos.
• Los investigadores pueden utilizar este recurso para investigar la influencia del tipo de suelo, la ubicación y el tipo de cultivo en las comunidades microbianas.
• El desarrollo futuro incluye la integración del metagenoma, los datos genómicos de aislamiento bacteriano, los fenotipos microbianos y las comunidades microbianas sintéticas.